Ханс Йоахим Екщайн е роден в Кьолн и от 2001 година е професор по Нов завет в Евангелския теологически факултет на Тюбингенския университет. Започва подготовката си за християнско служение като викарий още след първия си изпит по теология и успешно я приключва при дипломирането си. От 1980 г. до 1990 г. е асистент в Тюбингенския университет, а след това, до 1996 г., е пастор в Евангелската църква на Вюртенберг. От 1996 до 2001 г. Екщайн е професор по Нов завет в Теологическия факултет на Хайделбергския университет. От 2004 г. Ханс-Йоахим Екщайн е член на Вюртембергския Евангелски Синод, както и на Камерата по теология към Евангелската църква в Германия. Той е президент на Евангелската духовна семинария в Тюбинген.

Освен многобройните си научни публикации, Екщайн издава и редица специализирани книги, чрез които хвърля мост между вярата и науката, университета и църквата, местните лютерански църкви, свободните църкви и отделните християнски общности.